Товарищество с неограниченной ответственностью Friedr. Bayer et comp. было основано 1 августа 1863 года в Бармене – ныне один из районов города Вупперталь – торговцем красителями Фридрихом Байером (1825 – 1880) и мастером-красильщиком Иоганом Фридрихом Вескоттом (1821 – 1876). Целью компании было производство и продажа синтетических красящих веществ.
В период с 1881 по 1913 гг. «Байер» превратилась в компанию, работающую в области химического производства, занимавшуюся международной деятельностью. Хотя подразделение красящих веществ оставалось крупнейшим в компании, появлялись и новые направления деятельности.
В 1990-е годы, перед лицом глобализации, в компании «Байер", как и других компаниях, прошло крупное структурное преобразование.
Под руководством д-ра Манфреда Шнайдера компания «Байер» в 1994 году приобретает компанию Стерлинга Уинтропа в Северной Америке, работающую в области средств самолечения. Это один из ключевых моментов в истории компании, так как приобретение фирмы вернуло организации права на использование имени компании «Байер» в США. Впервые за предыдущие 75 лет компания «Байер» смогла работать в США под своим именем и со своим корпоративным логотипом в виде креста «Байер". В 1995 году основанная в США компания Miles Inc была переименована в корпорацию Bayer Corporation.
Для обеспечения устойчивого развития в будущем компания «Байер» создала третий фармацевтический исследовательский центр, на этот раз в Японии. К этому времени уже работали исследовательский центр в Европе (Вупперталь) и в Северной Америке (Вест Хейвен, штат Коннектикут). В 1995 году в районе Kansai Science City рядом с Киото начал свою работу исследовательский центр Японского филиала по производству медикаментов Bayer Yakuhin Ltd. Открытие центра явилось завершением «Фармацевтической исследовательской триады» представительств компании в Европе, Северной Америке и Японии. В последующие годы работа данных центров была дополнена сотрудничеством с различными компаниями, занимающимися разработками в области биотехнологий.